【10x Genomics】Visium Spatial Gene Expression (fresh-frozen/FFPE tissues)

產品敘述
傳統上研究者們使用免疫組織染色和H&E Staining的方式來了解組織的基本結構，但無法同步偵測該組織的基因表現。新一代空間基因表現分析技術Visium Spatial Gene Expression將傳統的組織學技術與高通量RNA定序的優勢相結合，不僅能檢測完整組織切片中的全轉錄體(whole transcriptome)，更能繪製出組織上區域基因表現的相對位置，可應用於神經生物學、免疫腫瘤學、發育生物學等研究。

Visium Spatial Gene Expression 流程簡便，與實驗室現有H&E及免疫螢光染色(Immunofluorescence)流程兼容，適用於新鮮冷凍切片與石蠟包埋樣品。Visium使用的載玻片內含4個組織擷取區域，每個區域具有大約5,000個spots，而每個spot包含數百萬條帶有spatial barcode的探針以捕捉組織中的mRNA，其覆蓋面積可達1-10個細胞 (視組織類型而定)。



搭配組織染色與定序資料，透過Space Ranger與Loupe Browser分析工具將組織切片的影像與空間基因表現圖譜相疊合，便可輕鬆鑑定同一組織樣本中的細胞型態與RNA表現情形 (如下圖)。



 
產品特色
  • 同時鑑定組織樣本中的細胞型態與基因表現，同步進行組織學、轉錄體與蛋白質體的多體學分析
  • 簡便快速的工作流程，一天內從組織切片到定序文庫製備
  • 適用於人類、小鼠、大鼠等各類新鮮冷凍組織與石蠟包埋(FFPE)切片
  • 相容於實驗室原有之H&E staining與免疫螢光染色(Immunofluorescence)流程
工作原理
1. Visium Spatial Gene Expression的工作流程如下圖：首先將新鮮冷凍組織切成薄片並放置於文庫製備玻片上，之後進行固定與染色並以顯微鏡觀察紀錄影像，再進行permeabiliztion步驟讓細胞釋出mRNA與載玻片上帶有spatial barcode的探針結合，合成cDNA後進行定序文庫製備並使用illumina平台上機定序，最後將數據以Space Ranger及Loupe Cell Browser分析工具進行組織影像與空間基因表現分析。



2. 為解決FFPE樣品中mRNA易降解、難以靠poly(A)捕獲的問題，Visium FFPE套組使用獨特的RTL （RNA-templated ligation）探針，以雜交捕獲技術（hybrid capture）捕捉蛋白質編碼基因上高特異性區域的核酸片段(如下圖)，再進行permeabiliztion步驟釋出捕獲產物、與載玻片上的探針結合標定完成文庫製備。

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